消毒处理后、无菌试验前和操作过程中，需要检查空气中的菌落数，以判断无菌室是否达到规定的洁净室检测标准要求，其中最常用的检测方法是沉降菌法。一般要求无菌室空间洁净度达到万级。
一、沉降菌的检测方法
将三块营养琼脂平板以无菌方式带入无菌操作室，在操作区台面左、中、右各放置一盘；打开板盖，暴露在空气中30分钟，盖上板，置于36℃±1℃孵育48h，取出计数。
二、无菌室的灭菌方法
1、紫外线辐射
紫外线杀菌是利用适当波长的紫外线破坏微生物细胞内的DNA或RNA结构，使生长中的细胞死亡而达到杀菌效果，属于物理杀菌方法。这种方法可以杀灭多种微生物，包括细菌、病毒、真菌、立克次体和支原体等，是实验室最常用的灭菌方法。根据卫生部2002年发布的《消毒技术规范》，对紫外线灯的要求是紫外线强度不低于70uW/c㎡（距离紫外线灯1m），紫外线灯在布置空间每平方米不应低于1.5W。
2、臭氧杀菌
臭氧是一种强氧化剂，通过氧化分解细菌内部葡萄糖所需的酶来灭活和杀死细菌。用臭氧杀菌，杀菌彻底，无残留，杀菌广谱，可杀灭细菌繁殖体和孢子、病毒、真菌等，并可杀灭肉毒杆菌病毒。此外，臭氧对霉菌有很强的杀灭作用。臭氧空气消毒必须在室内无人的密闭空间进行，消毒后至少30分钟后方可进入。一般杀菌时间可选择30分钟，要求空间臭氧浓度不低于20mg/m3。
3、化学熏蒸
利用易挥发和汽化的化学物质蒸汽杀灭太空微生物，如甲醛、过氧化氢和过氧乙酸。这种方法的明显缺点是容易残留，对人体有害。每次熏蒸后，使用前至少需要通风24小时。因此，只有在其他灭菌方法达不到理想的灭菌效果时，才会考虑采用这种方法。
无菌室一般用于微生物检测，每个质检人员都必须了解其状态，以保证实验结果的准确性。因此对于此类无菌室需要做好洁净室检测以及消毒工作。
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